José Luis Molins Mugueta es licenciado en Filosofía y Letras (Sección Historia) por la Universidad de Navarra, en la que ha sido docente desde 1968 y profesor asociado (1976-2011) de la Cátedra de Historia del Arte. Miembro permanente del Secretariado de Arte Sacro del Arzobispado de Pamplona (1982) y vocal (1986) y secretario (1988) de la Comisión Mixta Iglesia-Gobierno de Navarra para defensa del Patrimonio Artístico.

Ha centrado su investigación en la arquitectura navarra y pamplonesa del barroco y neoclásico, así como en aspectos de emblemática, iconografía, historia social y de las instituciones, participando en congresos y reuniones científicas. Entre sus publicaciones, aparte de numerosos artículos, cuenta con monografías como la Capilla de San Fermín en la iglesia de San Lorenzo de Pamplona (1974); Pamplona | Iruña. Casa Consistorial (1995); Exequias reales del Regimiento pamplonés en la Edad Moderna (en colaboración, 2005); o Artistas en homenaje a Sarasate. Álbum de Roma 1882 (en colaboración, 2009).

Archivero del Ayuntamiento de Pamplona por oposición (1975-2010). Gestor de la Sala-Museo de Sarasate (1991-2008). Comisario de cinco exposiciones de temática artística patrimonial promovidas por el Ayuntamiento de Pamplona. Vocal de la Comisión de Evaluación Documental del Sistema Archivístico de Navarra. Miembro del IV, V y VI Consejo Navarro de Cultura, ha desempeñado las respectivas Secretarías de las Comisiones de Archivos y Bibliotecas, y de Patrimonio Histórico, y la Presidencia de esta última. Fue asimismo vocal de la Comisión de Arqueología.